令和6年（2024）	東京科学大学 総合研究院 ゼロカーボンエネルギー研究所 へ組織変更
令和3年（2021）	科学技術創成研究院 ゼロカーボンエネルギー研究所 へ組織変更
平成28年(2016)	研究所創立60周年
平成28年(2016)	科学技術創成研究院　先導原子力研究所へ組織変更、 革新的原子力研究センターの廃止および原子力国際共同センターの 統合
平成23年(2011)	博士課程教育リーディングプログラム「グローバル原子 力安全・セキュリティ・エージェント養成」採択
平成22年(2010)	原子力国際共同センター設置
平成18年(2006)	革新的原子力研究センター設置(大学センター)
平成16年(2004)	連携講座(革新炉工学)(客員教授2名、客員助教授1名)
平成15年(2003)	21世紀COEプログラム「世界の持続的発展を支える革新的原子力」採択
平成15年(2003)	連携講座(バックエンド工学)(客員教授2名、客員助教授1名)
平成7年 (1995)	放射線管理測定システム装置設置
平成7年 (1995)	粒子分布・流速測定システム装置設置
平成7年 (1995)	システム・安全工学部門　外国人客員教授(1名)
平成 5年(1993)	高感度粒子線反応分析設備設置
平成 3年(1991)	高位粒子線物質変換実験装置設置
平成 2年(1990)	原子炉工学研究所改組 (3大部門体制)
昭和62年(1987)	ニュークリアセラミックス実験装置設置
昭和60年(1985)	ブランケット安全工学部門設置(時限10年) (原子炉安全性工学部門の転換)
昭和57年(1982)	ブランケット工学実験装置設置開始(4年計画) 非定常ブランケット模擬実験装置設置(初年度) 複合照射実験装置設置(第2年度) ブランケット増殖実験装置設置(第3、4年度)
昭和55年(1980)	トリチウム化学部門増設(時限10年、11部門体制)
昭和53年(1978)	原子炉安全性工学部門増設(時限7年、10部門体制)
昭和50年(1975)	放射線物理部門(改称、旧名称:保健物理部門)
昭和49年(1974)	広領域線質放射線照射実験室建設(3年計画) 広領域線質放射線照射実験装置設置
昭和45年(1970)	高温核燃料要素実験室建設(2年計画) 高温核燃料要素実験装置設置 原子炉燃料部門増設(9部門体制)
昭和42年(1967)	同位体分離実験室建設(2年計画、現同位体科学実験室) 同位体分離実験装置設置 原子炉設計理論部門増設(8部門体制)
昭和40年(1965)	研究所本館増築 原子動力実験室建設(2年計画) 原子動力実験装置設置
昭和39年(1964)	東京工業大学原子炉工学研究所発足(7部門体制)
昭和38年(1963)	研究施設本館建設
昭和37年(1962)	放射性同位元素実験室建設
昭和36年(1961)	核分裂実験装置研究室建設(2年計画) 20%濃縮ウラン-軽水系未臨界実験装置設置
昭和35年(1960)	天然ウラン-軽水系指数炉設置
昭和34年(1959)	原子科学研究室建設 コッククロフト･ワルトン型加速器設置 アトラス型質量分析計設置
昭和32年(1957)	理工学研究科原子核工学専攻設置
昭和31年(1956)	東京工業大学理工学部附属原子炉研究施設発足 (当初2部門、逐次設備後7部門体制)